Ο Κωστής Παπαϊωάννου είναι Γενικός Γραμματέας Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων και Πρόεδρος του Εθνικού Συμβουλίου κατά του Ρατσισμού και της Μισαλλοδοξίας. Από το 2006 ως το 2015 εκλεγόταν Πρόεδρος της Εθνικής Επιτροπής για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου. Πρωτοστάτησε στη σύσταση του Δικτύου Καταγραφής Περιστατικών Ρατσιστικής Βίας που αναγνωρίζεται σε ευρωπαϊκό επίπεδο ως best practice για την καταπολέμηση της ρατσιστικής βίας. Παλιότερα ήταν για χρόνια Πρόεδρος του ελληνικού τμήματος της Διεθνούς Αμνηστίας και μέλος ΔΣ της Ελληνικής Ένωσης για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου και του Πολίτη.
Διδάσκει ως φιλόλογος στην Ελληνογαλλική Σχολή Αγίας Παρασκευής. Αρθρογραφεί τακτικά σε έντυπα και ηλεκτρονικά μέσα ενημέρωσης.
Από τις εκδόσεις Μεταίχμιο κυκλοφορεί το βιβλίο του «Τα καθαρά χέρια της Χρυσής Αυγής: Ασκήσεις ναζιστικής καθαρότητας». Από την Ελληνική Ένωση για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου κυκλοφορεί η μπροσούρα του «Ας μιλήσουμε καθαρά για την Ακροδεξιά»